Специфическая подготовка к биопсии не требуется. Достаточно соблюдать общие правила, показанные перед проведением гастроскопии. Сначала доктор разъясняет пациенту цель и ход процедуры, получает его согласие. В случае эмоциональной лабильности перед эндоскопическим осмотром слизистой желудка и взятием биоптата для успокоения пациента могут назначить лёгкие седативные средства. Кроме того, необходимо тщательно собрать анамнез на предмет выявления аллергических реакций на препараты, используемые при эндоскопии с биопсией (особенно на анестетики).
Рекомендуется за неделю до осмотра исключить из рациона острые и пряные продукты и алкоголь, так как они могут вызвать раздражение слизистых и исказить картину. Также следует уменьшить потребление продуктов, вызывающих усиленное газообразование. Принимать пищу не стоит за 6 часов до процедуры, пить — за 2 часа. В некоторых случаях рекомендуется непосредственно перед проведением биопсии промыть желудок. Например, при стенозе привратника может быть замедлена эвакуация пищи из желудка в 12-перстную кишку.